НКО НКЦ (АО) выполняет функции клиринговой организации и центрального контрагента на финансовом рынке.

Как центральный контрагент НКО НКЦ (АО) берёт на себя риски по заключаемым участниками в ходе биржевых торгов сделкам, выступая посредником между сторонами: продавцом для каждого покупателя и покупателем для каждого продавца, которые заменяют свои договорные отношения друг с другом соответствующими договорными обязательствами с центральным контрагентом.

Главная и основная функция — обеспечить поддержание стабильности на обслуживаемых сегментах финансового рынка за счёт осуществления современной, отвечающей международным стандартам системы управления рисками, и предоставлять участникам такие клиринговые услуги, которые позволяют им эффективно использовать направляемые на рынок средства.